La Rupe Atenea è una delle due colline che delimitavano a nord l’antica Akragas. Essa si eleva a quota m 351 sul livello del mare sul lato nord-orientale della città. Tradizionalmente identificata con l’acropoli della città greca, deve il suo nome ad una interpretazione di un passo di Diodoro Siculo (XIII, 85), che tuttavia non fornisce puntuali indicazioni topografiche, e di Polibio (IX, 27), il quale ricorda un santuario di Athena e Zeus Atabirio - divinità venerate insieme anche a Rodi, madrepatria di Akragas - posto sulla sommità dell’altura che dominava la parte nord-orientale della città. anche la Collina di Girgenti era inclusa nel sistema difensivo della città; pertanto in essa si trovavano altri edifici di culto di notevole importanza e forse un secondo Tempio di Athena, identificabile nel tempio greco inglobato nella Chiesa di Santa Maria dei Greci, la cui attribuzione alla dea rimane ancora incerta data l’assenza di iscrizioni e di stipi votive caratterizzanti. Oltre ai resti del tempio, la Collina di Girgenti conserva altre evidenze archeologiche ascrivibili ad epoca greca. Si tratta di una complessa rete ipogeica generalmente connessa all’alimentazione idrica della città, menzionata anche nelle fonti antiche in relazione alle grandi opere di ingegneria idraulica intraprese dopo il 480 a.C. dall’architetto Feace (vedi Colimbetra e sistema degli acquedotti).

Il tempio dorico inglobato nella Chiesa di Santa Maria dei Greci è databile nel secondo quarto del V sec. a.C. ed è stato oggetto nel corso dei secoli gravi e ripetuti interventi di spoliazione a partire dalla tarda antichità, essendo verosimilmente stato utilizzato come cava di pietra per la costruzione di edifici nell’area circostante ancora prima dell’impianto della Chiesa. I resti della peristasi del tempio sono inglobati dalla muratura perimetrale della Chiesa: sul lato interno le colonne sono state sezionate a metà, a filo con la muratura perimetrale della chiesa, mentre su quello esterno esse conservavano ancora le scanalature. Si conserva la parte inferiore di sei colonne appartenenti alla peristasi settentrionale del tempio e di cinque colonne pertinenti alla peristasi meridionale, visibili rispettivamente sui lati sinistro e destro della Chiesa (ad eccezione di due colonne che si trovano coperte da un grande affresco su quest’ultimo lato). I resti del crepidoma settentrionale, costituito da tre gradini, si trovano ad una quota inferiore all’edificio cristiano e sono protetti da un cunicolo coperto da volta realizzato nella prima metà del 1800, al quale è possibile accedere dal cortile antistante la chiesa. All’interno della Chiesa, sono parzialmente visibili attraverso una pavimentazione in vetro i resti delle fondazioni del tempio greco, meglio conservati nell’area della navata destra della Chiesa e in quella antistante le absidi; altri considerevoli resti della struttura sono pure al di fuori della Chiesa, nell’area del cortile antistante. La Chiesa di Santa Maria dei Greci fu secondo la tradizione la prima Cattedrale di Agrigento edificata in epoca medievale subito dopo la dominazione musulmana. L’edificio, al quale si accede attraverso un piccolo cortile, non presenta unità stilistica a causa delle ripetute opere di sistemazione succedutesi attraverso i secoli e degli interventi di restauro che all’inizio del 1900 hanno sensibilmente modificato la struttura. La facciata è caratterizzata da un portale gotico del XIII secolo e l’interno è diviso in tre navate;

sul fondo si trovano tre absidi poco profonde. Pregevole è il soffitto ligneo del XIV secolo che copre la navata centrale, costituito da travature decorate da scene tratte dalla vita dei santi, e l’affresco sul muro della navata destra, raffigurante storie della vita della Vergine Maria. Nella Chiesa si conserva anche una statua lignea della Madonna col Bambino risalente all’inizio del XVI secolo.

Nel terrazzo sottostante il Tempio di Demetra, immediatamente al di fuori della cinta muraria, si trova il c.d. Santuario Rupestre, un monumento dalla singolare struttura del quale fanno parte due grotte e un edificio a pianta rettangolare allungata. Le grotte, aperte nella parete rocciosa, si presentano come due gallerie ipogeiche che procedono parallelamente per un tratto di ca. 8 m, quindi comunicano tra loro mediante uno stretto passaggio per poi divergere l'una verso nord-ovest e l'altra verso sud-est; sulle pareti di tali cunicoli vi erano alcune nicchie in cui erano deposti materiali votivi tra cui vasetti e statuette. Nella medesima parete di roccia in cui si aprivano le due grotte si trova lo sbocco di uno degli acquedotti, appartenenti al complesso sistema idrico ipogeico di Akragas. Dinnanzi è l'edificio costruito su due piani in conci di arenaria squadrati non isodomi, con le due pareti dei lati lunghi est ed ovest inclinate all'interno e coronate da una cornice semplicissima priva di mutuli; era fornito di aperture, alcune delle quali in corrispondenza dell'imbocco delle due grotte e circa al medesimo livello. Esso prospetta su un piazzale limitato da un muro con pilastri sulla fronte caratterizzato dalla presenza di vasche comunicanti poste a diversi livelli. Il complesso sacro era probabilmente connesso al tempio soprastante e funzionale allo svolgimento dei rituali attestati dal V sec. a.C. sino ad epoca ellenistica.