La denominazione del tempio è da connettersi con un’iscrizione latina di età imperiale con
dedica alla Concordia degli Acragantini, rinvenuta nelle vicinanze del tempio, ed erroneamente messa in rapporto con esso. Questo si presenta in un ottimo stato di conservazione, dovuto al fatto che, alla fine del VI sec. d.C., fu trasformato in una basilica cristiana per iniziativa del vescovo Gregorio di Girgenti, che la dedicò ai Santi apostoli Pietro e Paolo. La continuità del culto gemino ha fatto pensare agli studiosi che, in origine, il tempio fosse dedicato ai Dioscuri. Il tempio è di stile dorico e viene datato al 440-430 a.C. Sul basamento (m 39,44 x 16,91) sorge il krepidoma di 4 gradini. Le colonne della peristasi (6 x 13), che si restringono verso la parte superiore del fusto, con morbido echino, sono caratterizzate da venti scalanature e armoniosa entasi, sormontata da epistilio, fregio con triglifi e metope, cornice a mutuli; sono altresì visibili i timpani. Quasi unica, in Sicilia, la presenza dei frontoni. Ben conservata la trabeazione con epistilio, triglifo e geison. La cella (m 28,36 x 9,44), cui si accede attraverso un gradino, presenta pronao ed opistodomo entrambi in antis. Ben conservate le torri scalarie di accesso al tetto. Sulla sommità delle pareti della cella e nei blocchi della trabeazione della peristasi si evidenziano gli incassi per la travatura lignea di copertura. Un rivestimento di stucco caratterizzava sia l’interno che l’esterno del tempio. Gronde con protomi leonine decoravano la sima e la copertura prevedeva tegole marmoree. Antefisse, palmette policrome, inserite in un disegno architettonico ricco di motivi e di colori, caratterizzavano questo edificio che, pur nella fastosità della decorazione, conservava una elegante sobrietà. Quasi impossibile la ricostruzione dei due frontoni. Non vi è dubbio, però, che un tempio di così grande scuola architettonica abbia avuto una decorazione dipinta o plastica nei triangoli dei timpani.
All’indomani della reintegrazione nella sua sede episcopale agrigentina, il vescovo Gregorio II scelse, forse a causa delle lotte intestine nel clero della città, di spostare la sede dell’episkopeion in una zona ormai “periferica” dell’abitato, quella gravitante attorno al Tempio della Concordia. Avendo ottenuto dall’autorità imperiale bizantina e dalla Chiesa romana i diritti sui terreni localizzati attorno al sito, egli creò una sorta di feudo ecclesiastico, durato fino al XIX secolo e noto come “feudo di S. Gregorio”. Nelle proprietà ecclesiastiche fu compreso anche il Tempio di Asclepio, forse riadattato a monastero e noto in età medievale e moderna come “casa di S. Gregorio”. Ma il nucleo di questo vasto territorio è costituito dal Tempio della Concordia, i cui lavori di trasformazione in edificio cristiano presero l’avvio nel 596 e terminarono, con la dedicazione ai SS. Pietro e Paolo nel 597. Dopo il ripristino del 1788, ben poche tracce rimangono della chiesa bizantina originaria e delle sue successive fasi medievali e moderne. L’edificio bizantino doveva probabilmente collocarsi nella parte orientale del tempio e occupare un quadrato di 5 x 5 intercolunni. L’accesso avveniva invece da ovest, con una scalinata ricavata in parte nel basamento del tempio. La parte ovest del tempio diventò una sorta di sagrato adibito a luogo di sepolture. Dal sagrato si accedeva a uno spazio privo di copertura che fungeva da atrio. La chiesa vera e propria era divisa in tre navate con abside centrale semi-esagonale affiancata da due ambienti di servizio simmetrici, secondo lo schema tipico della prima età bizantina. Gli ambienti dell’episcopio andarono a sistemarsi nelle ali sud orientale e nord orientale del colonnato del tempio. Le coperture rimasero probabilmente in gran parte quelle dell’edificio antico. Sembra probabile che estesi rimaneggiamenti abbiano interessato la chiesa, forse dopo il 630, ritenuto l’anno di morte del vescovo Gregorio II. In tale occasione l’episcopio dovette essere rimosso o trasferito nuovamente nella basilica urbana.